Przez ponad trzy wieki Warmia pozostawała pod rządami biskupów i kapituły, stanowiąc ważną część Królestwa Polskiego. W tym czasie stała się nie tylko centrum religijnym, ale też kulturalnym i politycznym regionu, który odgrywał istotną rolę w dziejach Rzeczypospolitej.
Warmia była zarządzana przez biskupów i kapitułę przez 306 lat, pozostając integralną częścią Królestwa Polskiego. Pierwszym biskupem warmińskim, który stał się poddanym króla polskiego, był Paweł Legendorf. Ostatnim polskim biskupem w tej diecezji był Ignacy Krasicki.
Początki diecezji i wpływy zakonu krzyżackiego
Biskupi warmińscy pełnili kluczową rolę w zarządzaniu diecezją warmińską, która powstała w 1243 roku jako część Królestwa Polskiego i podlegała zakonowi krzyżackiemu aż do 1466 roku. Anzelm z Miśni (1210–1278) był pierwszym urzędującym biskupem diecezji warmińskiej i jedynym biskupem związanym z zakonem krzyżackim. Został konsekrowany 28 sierpnia 1250 roku. Ze 310,8 km kw powierzchni, jakie liczyła diecezja warmińska w 1252 roku, władztwu biskupa przypadło 121,7 km kw. Wraz z rozwojem państwa zakonnego następowało także poszerzanie granic diecezji, a co za tym idzie dominium biskupiego; już w 1254 roku dominium biskupie liczyło około 196,6 km kw. Ważnym etapem kształtowania się struktury dominium był podział na domenę biskupią i domenę kapitulną.

Dominium podzielone zostało na dziesięć jednostek administracyjnych – komornictw. Siedem z nich weszło w skład domeny biskupa, trzy pozostały pod zarządem kapituły. Władztwu biskupa podlegały komornictwa braniewskie, orneckie, dobromiejskie, wartemborskie, reszelskie, jeziorańskie i lidzbarskie. Pozostałe komornictwa trafiły pod zarząd kapituły warmińskiej: fromborskie, melzackie i olsztyńskie.
Rola biskupa w państwie
Mocą pokoju toruńskiego z 1466 roku, dominium warmińskie, wraz z Pomorzem Gdańskim, ziemią chełmińską i powiślańską, stało się częścią Królestwa Polskiego. Dwa traktaty z 1479 i 1512 roku regulowały związek Warmii z Królestwem, określając zasady wyboru biskupów.
Od 1569 roku biskup warmiński miał zapewnione miejsce w senacie państwa, zajmując szóstą pozycję w hierarchii. Brał także udział w sejmikach polskich, a od 1508 roku pełnił funkcję prezesa ziem pruskich, będąc najważniejszą osobą w Prusach Królewskich. Biskupstwo warmińskie uznawano za jedno z kluczowych w Polsce. Biskupi warmińscy często osiągali najwyższe godności w Rzeczypospolitej, stając się podkanclerzami i kanclerzami, a niektórzy, jak Ignacy Krasicki, zapisali się w historii jako wybitni literaci i uczeni.

Wpływ biskupów na rozwój regionu
Obecność biskupów z magnackich rodów umacniała związki Warmii z innymi ziemiami polskimi. Z osiedleniem się jezuitów w Braniewie oraz utworzeniem gimnazjum, Alumnatu Papieskiego i seminarium duchownego, Warmia zaczęła oddziaływać na pozostałe tereny Polski, a nawet nadbałtyckie. W Reszlu biskupi jezuiccy założyli drugie na Warmii gimnazjum, czyniąc to miasto ważnym ośrodkiem rzemieślniczym i edukacyjnym. Biskupi warmińscy inwestowali w budowę licznych zamków i pałaców, z których część zachowała się do dziś.
Polska na Warmii
Barokowe świątynie w Stoczku Klasztornym, Krośnie, Chwalęcinie, Chruścielu oraz słynna Święta Lipka, choć leżąca poza granicami warmińskiego dominium, ale ściśle z nim związana, są świadectwem przenikania polskiej kultury do tego regionu. Polskie wpływy wzmocnione były także przez nadania dóbr ziemskich, które otrzymywały szlacheckie rody przybywające na Warmię wraz z biskupami. To właśnie te działania przyczyniły się do spolonizowania kapituły warmińskiej, wzmacniając jej więzi z Rzecząpospolitą.